Bon, au moins, en 8 ans, ils ont fait des progrès :-)

 su - www-data -s /bin/bash -c  './owncloud/occ upgrade'
 su - www-data -s /bin/bash -c  './owncloud/occ maintenance:mode --off'
 # dpkg -l|grep -i owncloud
ii  owncloud-deps-php5                 9.1.5-1.1                     all          ownCloud - dependencies for php5
ii  owncloud-files                     9.1.5-1.1                     all          ownCloud - Server

Bien sur, en utilisant le repo debian de ownCloud plutôt que le source, c'est beaucoup plus simple...